En todos los sistemas de sincronización puede ocurrir que, en el proceso de comparación de los ficheros locales con los ficheros del servidor, se detecte que el fichero ha sido modificado en ambos sitios después de la última sincronización. En este caso, el sistema es incapaz de saber que versión del fichero es la correcta, y por tanto implementa un mecanismo que permita que no se pierda ninguna modificación. Este mecanismo es el conflicto de replicación.
En caso de conflicto de replicación el cliente genera una copia de la versión más antigua del fichero en conflicto en local, y mantiene en el servidor la más reciente. El nombre de la copia local del fichero contiene el nombre del fichero original, añadiendo una indicación de conflicto y marca de fecha cuando ha aparecido el conflicto. En el servidor nunca se generan ficheros de conflicto de replicación.
Revisando pues, la ultima versión del fichero y la versión generada por el sistema se pueden combinar manualmente los cambior realizados en ambas versiones y resolver el conflicto.