En tots els sistemes de sincronització pot passar que, en el procés de comparació dels fitxers locals amb els fitxers del servidor, es detecti que el fitxer ha estat modificat en els dos llocs després de la darrera sincronització. En aquest cas, el sistema no és capaç de saber quina és la versió correcta del fitxer i implementa un mecanisme que permet no perdre cap modificació. Aquest mecanisme és el conflicte de replicació.
En cas de conflicte de replicació el client genera una copia de la versió més antiga del fitxer en conflicte en local i manté en el servidor la versió més recent. El nom de la copia local del fixter és el mateix que l’original, però afegint una marca de data i hora de quan s’ha detectat el conflicte. Al servidor mai no es generen fitxers de conflicte de replicació.
Revisant, doncs, la darrera versió i la versió generada pel sistema es poden combinar manualment les modificacions realitzades en ambdues versions i resoldre el conflicte.